其实graph.qq.com的问题并不复杂，但是又很多的朋友都不太了解一键登录QQ空间，因此呢，今天小编就来为大家分享graph.qq.com的一些知识，希望可以帮助到大家，下面我们一起来看看这个问题的分析吧！
本文目录
Orthofinder 2.3
1.查找直系同源群(orthogroups)和直系同源物(orthologs)
2.推断所有直系同源群的有根基因树(rooted gene trees)
3.识别这些基因树中的所有基因复制事件(gene duplication events)
4.推断有根物种树(rooted species tree)，并将基因复制事件从基因树映射到物种树上
5.为不同物种基因组间的比较分析提供全面的统计信息
通过修改 config.json文件，OrthoFinder支持用户自定义调用软件
STAG是一种从所有基因推测物种树的算法，不同于使用单拷贝的直系同源基因进行进化树构建。
分为如下几步：
1.BLAST all-vs-all搜索。使用BLASTP以evalue=10e-3进行搜索，寻找潜在的同源基因。(除了BLAST,还可以选择DIAMOND和MMSeq2)
2.基于基因长度和系统发育距离对BLAST bit得分进行标准化。
3.使用RBNHs确定同源组序列性相似度的阈值
4.构建直系同源组图(orthogroup graph)，用作MCL的输入
5.使用MCL（Markov Cluster Algorithm）对基因进行聚类，划分直系同源组
具体的分析和参数解释还可见中文生信技术公众号 https://mp.weixin.qq.com/s/eeaTOQUHh6zuhYbbLA_Lnw
标准OrthoFinder运行会生成一组文件，这些文件描述了直系同源群，直系同源，基因树，解析基因树，有根物种树，基因复制事件以及所分析物种集的比较基因组统计数据。
Orthogroups.tsv：一个制表符分隔的文本文件，每行包含属于单个直系同源群的基因。来自每个直系同源群（Orthogroup，OGXXXX）基因被组织成列，每个物种一列。
Orthogroups_UnassignedGenes.tsv：一个制表符分隔的文本文件，其格式与Orthogroups.csv相同，但包含未分配给任何直系同源群的所有基因。
Orthogroups.txt(传统格式):包含Orthogroups.tsv文件中描述的直系同源群，但使用OrthoMCL输出格式。(方便需求)
Orthogroups.GeneCount.tsv：一个制表符分隔的文本文件，其格式与Orthogroups.csv相同，记录了每个 Orthogroup中基因在物种间的分布情况，可以用于分析同源基因在物种间的收缩和扩张。
Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt：单拷贝直系同源组。每个物种正好包含一个基因的直系同源群列表，即它们包含一对一的直系同源物。它们非常适合进行种间比较和种树推断。(实际使用时候可以根据需求挑选)。建树选择物种太多时，可能文件为空。
以物种为单位，记录了每个物种与其他物种间的直系同源基因。
直系同源物目录为每个物种包含一个子目录，该子目录又包含本物种与其他所有物种的成对比较文件，列出该物种对之间的直系同源物（Orthogroup）。直系同源物可以是一对一，一对多或多对多，这取决于直系同源物分化后的基因复制事件。文件中的每一行都包含一个物种中的基因，而该基因是另一物种中该基因的直系同源物，并且每一行都被交叉引用到包含这些基因的直系群中。
简单点说直系同源物(Orthologues)目录能够找到俩俩物种间的所有直系同源基因。
每个直系同源群orthogroup（gene_num>= 4）的有根基因树结构。默认基因树没有支持值，OrthoFinder为了节省计算时间没算了，有方法获取支持值（没去学）。
为每个直系同源群推断出有根的系统发育树，使用 OrthoFinder复制损失合并模型进行解析。(根据需求用)
详细说明可见 https://mp.weixin.qq.com/s/eeaTOQUHh6zuhYbbLA_Lnw
SpeciesTree_rooted.txt：从所有包含STAG支持的直系同源组推断的STAG物种树，此文件有bootstrap值。
SpeciesTree_rooted_node_labels.csv：与上述相同的树，但是节点被赋予标签(而不是支持值)，用于解释基因重复数据。
Orthogroups_for_concatenated_alignment.txt：仅在-M msa模式下输出，列出了所有串联起来用于推断物种树的 orthogroup ID
Duplications_per_Orthogroup.tsv：记录了每个 orthogroup中推断出的基因重复事件数量。
Duplications_per_Species_Tree_Node.tsv：记录了物种树中每个节点、物种中发生基因重复事件的数量。
Orthogroups_SpeciesOverlaps.tsv：每个物种对之间共享的 orthogroup直系同源群（以方矩阵形式）。不同物种间的同源基因的交集
OrthologuesStats _*.tsv：是制表符分隔的文本文件，其中包含矩阵，这些矩阵给出了每对物种之间一对一，一对多和多对多关系的直系同源物数量。
Statistics_Overall.tsv：记录了有关 orthogroup的常规统计信息。
Statistics_PerSpecies.tsv：以物种为单位，记录了有关 orthogroup的常规统计信息。
OrthologuesStats _*：记录了每对物种之间一对一、一对多和多对多关系的直向同源物数量。
在Statistics_Overall.csv和Statistics_PerSpecies.csv中的一些名词：
Species-specific orthogroup：完全由一个物种的基因组成的直系同源群。
G50和O50，指的是当你直系同源组按照基因数从大到小进行排列，然后累加，当加入某个组后，累计基因数大于50%的总基因数，那么所需要的直系同源组的数目就是O50，该组的基因数目就是G50。
Single-copy orthogroup:单拷贝直系同源群，每个物种中仅有一个基因的直系同源群。这些直系同源群是推断物种树和许多其他分析的理想选择。
Unassigned gene:未分配的基因，无法与任何其他基因放入直系同源群的基因，无法和其他基因进行聚类的基因。
拥有基因树意味着 OrthoFinder可以识别发生的所有基因复制事件。OrthoFinder在文件Species_Tree/ SpeciesTree_rooted_node_labels.txt 中标记物种树的节点。
下图为自带案例中直系同源组 OG0000006的有根基因树结构。首先分析 N16（node 16），其左右枝 N10、N11是旁系同源（agal），说明 N16发生了一次基因复制。不断递归可以发现，N19后发生了 4次基因复制。同理分析 N15，其中 N2、N4、N6为旁系同源（geni），说明 N15后发生了 2次基因复制。结合 N15、N19，说明 N20后发生了 6次基因复制。由于 agal、geni中基因与 N1均不是旁系同源，所以 OG0000006中总共发生了 6次基因复制事件。
Duplications.tsv：记录了程序推测出的所有基因复制事件的信息。其中 Species Tree Node表示基因复制事件发生时所对应的物种树节点（即复制是在该物种内发生的）；Gene tree node表示基因复制事件发生时所对应的基因树节点与基因复制事件对应的节点；Support表示复制后两个基因副本未被丢失的比例；Type中 Terminal表示重复发生在物种树的末端分支上，Non-Terminal表示重复发生在物种树的内部分支上，被多个物种共享；Genes 1、Genes 2为基因列表，其中 Genes 1表示来自复制后基因的一个副本；Genes 2表示来自复制后基因的另一个副本。
SpeciesTree_Gene_Duplications_0.5_Support.txt：记录了物种树每个节点、分枝上包含的基因复制事件的总和，格式为节点或物种名+数字（基因复制事件数量）。
以上给出了基因复制事件的Summary。其中每个节点显示节点名称，后跟一个下划线，然后是映射到物种树中每个节点充分支持的基因复制事件的数量。如果至少 50%的后代物种保留了复制基因的两个拷贝，则基因复制事件被认为是“得到充分支持的”。例：对于四足动物的共同祖先 N1，有 2458 个得到充分支持的基因复制事件。
每个直系同源群的FASTA文件给出了每个直系同源群中每个基因的氨基酸序列。
与直系同源群序列目录相同的文件，但仅限于每个物种仅包含一个基因的直系同源群。
此文件夹仅在-M msa模式下输出，均为 FASTA格式文件。
1.记录了每个 orthogroup中序列间的多序列比对结果。
2.记录了程序通过 CMSA算法过滤后的 orthogroup中各序列串联后的多序列比对结果，同时比对结果中空位数> 50%的列已被删除。
还会有一个名为WorkingDirectory的目录，其中包含运算过程的中间文件，例如blast结果，DIAMOND比对结果，STAG输出的无根物种树等。2.3.12版本还生成了一些其他文件夹，没看了
1.基因树(Gene Trees)：根据每个直系同源群推断的系统发育树。
基因树：指基于单个同源基因差异构建的系统发生树。这种树代表的仅仅是单个基因的进化历史，而不是它所在物种的进化历史。
Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt：用来看画基因树应该选择哪一个直系同源群的文件。该文件中每个物种正好包含一个基因的直系同源群列表，即它们包含一对一的直系同源物。它们非常适合进行种间比较和种树推断。
2.解析的基因树(Resolved Gene Trees)：为每个直系同源群推断出有根的系统发育树，使用OrthoFinder复制损失合并模型进行解析。
3.物种树(Species Tree)：从所有直系同源群推断出的STAG物种树，包含内部节点上的STAG支持值，并以STRIDE为根（-M dendroblast）。
大部分都是摘抄的，记录有错的地方，麻烦批评指正了。
看得头晕，挺多还没理解，后面弄WGD再来看看
声明：本篇多为资料整理总结，仅用于自学记录，侵删，谢谢。感谢作者大大们分享：
OrthoFinder https://github.com/davidemms/OrthoFinder
xuzhougeng https://www.jianshu.com/p/16e0bbb2ba19
浓香鸭腿面 https://blog.csdn.net/sinat_41621566/article/details/112320002
bclhx 火星的后裔 https://mp.weixin.qq.com/s/Jny5cTHqQh9yQx-cKQTWbA#tocbar--ebkh9l
生信技术 https://mp.weixin.qq.com/s/eeaTOQUHh6zuhYbbLA_Lnw
关于Worm.viking.dr
这是个威金!
威金Worm.viking资料(w32.Looked.p)&最新有效专杀工具!!2006年10月20日星期五 13:05病毒类型：NetWorm网络蠕虫
病毒名称：Worm.Viking（瑞星), Worm.Win32.Viking.aa, bb(卡巴斯基), w32.Looked.p(诺顿)；
统称威金。如下资料转载自水木社区!!
1、手动清除
发信人: ILOVEAPPLE(大海),信区: Virus
标题: Re:有没有中过viking维金的,请问卡巴6对此有效否?
发信站:水木社区(Sat Sep 23 15:33:43 2006),站内
可以这样：
先删除dll.dll(删除方法见置底)、log_1.exe、rundl123.exe等文件，或在安全模式下清除。
主要是dll.dll，这个文件会让windows的explorer.exe调用（这个传播方法较历害）。
然后根据病毒感染exe的特征，你可以用搜索查找所有的的*.exe文件，然后浏览一下文件，利用卡巴实时检测功能把查毒，清除（也可设置卡巴查杀配置，不过好几个选项，。。。）；最后执行如下命令清除病毒遗留文件：
如下命令可以全选用记事本保存成一个 killViking.bat文件。
也可以一条一条的手动输入，开始菜单运行输入CMD回车，然后执行下面的每一条，按回车执行。
带echo, pause的可以忽略。
echo off
del%Windir%\ MH_FILE\ MH_DLL.dll
del%Windir%\MickNew\MickNew.dll
del%Windir%\TODAYZTKING\TODAYZTKING.DLL
del%Windir%\1.txt
del%Windir%\0Sy.exe
del%Windir%\1Sy.exe
del%Windir%\2Sy.exe
del%Windir%\rundl132.exe
del%Windir%\vDll.dll
del%Windir%\Dll.dll
del%Windir%\log_1.exe
del%Windir%\rundl123.exe
echo正在清除_desktop.ini文件，请稍等......
del c:\_desktop.ini/f/s/q/a
del d:\_desktop.ini/f/s/q/a
del e:\_desktop.ini/f/s/q/a
echo清除完毕！
pause
2、发信人: itrose(说不清楚),信区: Virus
标题: viking威金dll.dll变种暂时解决方案
发信站:水木社区(Tue Sep 12 18:59:31 2006),站内
威金某变种,病毒文件:
c:\windows\rundl132.exe
c:\windows\dll.dll
在该文件夹下还可能有realplayer.exe excel.exe qq.exe等并不该出现的文件
此变种尚无专杀,我摸索出一种方法,目前看有效,请大家参考.
卸载WINRAR,QQ,OFFICE,realplayer等知名软件,安全模式下删除上面提到的病毒文件.
3、被威金感染后的应用程序，一般都需要重装了。
4、总结
发信人: sihecun(如果有来生),信区: Virus
标题: Worm.Viking变种疯狂席卷国内互联网
发信站:水木社区(Thu Jun 8 22:39:08 2006),站内
附件是瑞星的专杀(20060606)
http://community.highai.com/blogs/smallmo/archive/2006/06/02/88885.aspx
国内老牌的感染型蠕虫Worm.Viking变种正在国内快速传播中，金山、瑞星等国内反病毒厂商都对变种做了应急处理，小陌提醒广大国内用户紧快升级手中的杀毒软件来防范此家族的变种。
Viking家族的变种会感染pe文件，给中招用户带来不小麻烦，同时还具有网络感染、下载网络木马等其他功能。中招用户的典型特征为电脑中出现logo_1.exe、rundl132.exe文件。
同时该家族的Worm.Viking.i（瑞星Worm.Viking.bp）变种还通过qq尾巴传播，qq尾巴的形式：
h**p://www.qq.com.search_2.shtml.cgi-client-entry.photo.39pic.com/qq%E5%83%8F%E5%86%8C2/
以下是金山的报告：
金山：Worm.Viking.m http://vi.db.kingsoft.com/index.shtml?CODE=02&virusid=38415&action=viewgraph
病毒分析
病毒被激活后，释放以下文件：
%SystemRoot%\rundl132.exe
%SystemRoot%\logo_1.exe
病毒目录\vdll.dll
添加以下启动项：
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run]
"load"="%SystemRoot%\rundl132.exe"
[HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Windows]
"load"="%SystemRoot%\rundl132.exe"
感染所有分区下大小27KB-10MB的可执行文件（但不感染系统文件夹和programe files文件夹下的文件），并在被感染的文件夹中生成_desktop.ini。文件如果发现这个东西的话，恭喜恭喜，估计十有八九已遭遇不幸了，并且感染后会造成一些网友说的“EXE文件图标花了”
通过不安全的共享网络传播，网络可用时，枚举内网所有共享主机，并尝试用弱口令连接\IPC$、\admin$等共享目录，连接成功后进行网络感染。
结束一些国内的反病毒软件进程，如毒霸，瑞星，木马客星等。
vdll.dll注入Explorer或者Iexplore进程，当外网可用时，下载其他木马程序(如前段时间比较BT的红底黑色龙头图案的WINLOGON)。
将拿到的几个样本文件看了下，其中rundl132.exe为病毒文件，VThunder为感染后的文件，Thunder为原文件。
winhex将这3个文件打开，发现感染方式为“头寄生”，VThunder文件头被插入了rundl132的代码。
rundl132.exe
VThunder.exe
Thunder.exe
offset删除至00069E6后另存为，即可还原到原来的thunder了。
在这里提醒大家，对这个病毒防范胜于查杀。目前，包括毒霸在内的部分杀软可以较好的处理感染后的EXE文件，但部分杀软采取的方法却是直接删除（如卡巴斯基），这可不是件好事。因此，小空建议你，及时升级你的杀软，并打开实时监控；安装一款防火墙；关闭不必要的网络共享；通过在线更新等给系统打好补丁；给管理员帐户加上足够强壮的密码；对于来历不名的文件不要随意运行。
※来源:·水木社区 newsmth.net·[FROM: 221.221.27.*]
5、其他专杀
（1）瑞星的提取工具 http://it.rising.com.cn/Channels/Service/2006-07/1153119832d22607.shtml
（2）金山毒霸的专杀 http://db.kingsoft.com/download/3/246.shtml
（3）强烈推荐的专杀 by nslog
流行感染EXE文件清除提取修复工具（威金、千橡等）
即.exe执行的时候生成一个同名的xxx~.exe，可以完美修复所有.exe可执行文件版本更新为1.6
下载地址： http://nslog.cn.googlepages.com/Killqx_Gui_V16.rar
目前版本： v1.6
使用办法：选择目录或者文件夹扫描便可。没有什么好说的。
关于graph.qq.com的内容到此结束，希望对大家有所帮助。
