1、将新鲜羊肚菌用干净的盘子装起来，再用保鲜膜包裹，放进冰箱保鲜室里保存，这样可以存放一周左右。2、或者将羊肚菌洗净，沥干水分，放入冰箱快速急冻，食用时取出解冻即可。3、将新鲜羊肚菌放置在通风处晾干，装进真空袋里，抽干里面的空气，这样可以延长保存时间。
羊肚菌放入冰箱保存，可在一定程度上延长其保存时间，但是冰箱冷藏层中水汽比较足，将羊肚菌放入冰箱保存之前要将表面的水分擦干，然后用保鲜袋装好再置于冰箱中，一般可以保存2-3天左右。若是羊肚菌的量比较多，也可以将其置于冷冻层保存。
羊肚菌由于其菌盖表面凹凸不平，状似羊肚，故而得名。羊肚菌一般生长在树林中，其中含有大量的水分及碳水化合物，很容易滋生细菌而腐烂，保存时间极短，如果羊肚菌的量不是很多的话，可以将它摊放在阴凉干燥处保存，注意避免潮湿，避免阳光直射，温度也不宜过高，一般可以保存1-2天左右。
可以将羊肚菌擦干水分后放入真空袋中，然后利用真空机将里面的空气抽走，这样不仅可以保持羊肚菌的鲜味，还可以延长其保存时间，一般真空保存的羊肚菌可以保存半个月左右，不过要注意，羊肚菌保存之前千万不能用水清洗，否则会加速腐坏速度。
如果羊肚菌的量特别多，或者暂时不打算食用的话，建议可以将它置于烈日下晒干或用烘干机烘干其中的水分，将它做成干羊肚菌，然后装入自封袋中，封好口，置于阴凉处保存即可，这样的处理过的羊肚菌一般保存时间会比较长。
